梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦…

故事发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛——初音岛。主人公朝仓纯一在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力，还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。早上起床到风见学园上学，遇到同样身为青梅竹马后辈“狗狗”天枷美春，以及学园偶像白河小鸟，还有在学校吃午餐时，不知为什么总是吃火锅的水越萌和水越真子姐妹……这都只是很平常的生活。这一天，她们也是很平常的度过着。然而，年幼的时候突然搬到美国的芳乃樱出现了。

在遥远的未来。人类瑟缩在被岩层包围的“圈落”内艰难度日。圈落外面，是一片广阔而危险的未知领域“迷宫”。而那些冒着生命危险开拓“迷宫”、在未知中留下已知烙印的人们，则被称作“标记人”。想成为标记人的少女·梅梅普与想改行不做标记人的男子·刚刚爸。这对风格迥异的父女即将向迷宫发起挑战！“既然没有路，那就自己动手挖出一条！”